Religioso, presbitero e missionario italiano, facente parte della comunità missionaria dei Comboniani.

È l'ispiratore e il fondatore di diversi movimenti italiani tesi a creare condizioni di pace e di giustizia solidale.

Il 23 settembre 2013 gli viene conferita la laurea honoris causa in giurisprudenza presso il Dipartimento Jonico in "Sistemi giuridici ed economici del Mediterraneo: società, ambiente, culture» dell'Università degli Studi di Bari "Aldo Moro". È direttore, sin dalle origini, della rivista nonviolenta Mosaico di Pace, fondata da don Tonino Bello.

Entrò giovanissimo in seminario e venne mandato dai padri comboniani a completare gli studi di teologia a Cincinnati, negli Stati Uniti d'America. Nel 1964 viene ordinato sacerdote nell'ordine dei missionari comboniani del Cuore di Gesù.

Dal 1965 al 1973 lavorò come missionario nel Sudan meridionale, martoriato dalla guerra civile. A causa della sua forte denuncia sociale, nel 1973 il governo locale gli negò il visto per rientrare nel paese.

Nel 1978 Padre Zanotelli assume la direzione di Nigrizia e contribuisce a trasformarlo da mensile di pura informazione religiosa ad un mensile di informazione socio-politico sulla situazione africana. Egli mira infatti ad un rinnovamento della mentalità per risolvere alla radice i problemi del sud del mondo. Nigrizia diviene un punto di riferimento importante per la diffusione di una cultura della mondialità e per i diritti dei popoli. Dalle pagine della rivista vengono critiche documentate e sistematiche: al commercio delle armi, denunciando gli interessi dell'Italia e dei paesi occidentali nelle guerre africane, ai modelli di collaborazione allo sviluppo, spesso gestite in modo affaristico e lottizzato, all'apartheid in Sudafrica.

In questo periodo, ispira e fonda con altri il movimento Beati i costruttori di pace, un movimento che a sua volta mira a costruire la pace basandosi sulla giustizia. Nel 1987 - su precise richieste delle autorità ecclesiastiche, dovute ad un suo presunto allontanamento dai principi religiosi cattolici - Alex Zanotelli lasciò la direzione di Nigrizia. In seguito diventò direttore responsabile della rivista Mosaico di pace sin dalle prime pubblicazioni (settembre 1990) per espresso volere di don Tonino Bello, allora presidente di Pax Christi e vescovo di Molfetta.

Nel 1989 torna in missione in Kenya, a Korogocho, una delle baraccopoli che attorniano Nairobi. Nella lingua locale il nome Korogocho significa confusione, caos. La sofferenza di questa popolazione lo spinse a formulare la frase «Forse Dio è malato» che divenne il titolo del libro sull'Africa di Walter Veltroni il quale all'inizio del 2000 si recò in visita a Korogocho. Padre Zanotelli rimase a Nairobi fino al 2001.

Oggi Padre Alex Zanotelli vive nel difficile rione Sanità di Napoli, in una piccola casa ricavata dal campanile della basilica di Santa Maria della Sanità. In un contesto diverso, come a Korogocho, ha un solo obiettivo di fondo: "Aiutare la gente a rialzarsi, a riacquistare fiducia". In tale contesto il religioso comboniano continua a seguire le vicende italiane e non, facendo sentire la sua voce critica. In occasione dell'approvazione della legge finanziaria del 2008 ha lanciato una vibrata protesta contro l'aumento delle spese militari intitolato "Finanziaria, armi, politica: che vergogna"! Da anni si batte per evitare la privatizzazione dell'acqua, partecipando a conferenze, eventi e marce in tutta Italia. Nel novembre 2009 ha dichiarato in una lettera aperta al Corriere del Mezzogiorno:

Ha dichiarato: «La nonviolenza attiva non è pacifismo, è ben altra cosa. Ho cominciato leggendo Gandhi, Martin Luther King, Milani, Mazzolari e questi mi hanno aiutato a capire che era stato Gesù di Nazaret a praticare per primo la nonviolenza in quella Galilea schiacciata dall'imperialismo romano. Vi vorrei pregare, con tutto il cuore, di avere il coraggio di una scelta radicale di nonviolenza. Questo sistema è violento per natura. Noi dobbiamo costruire un sistema nonviolento, una civiltà della tenerezza».